Boštjan Perovšek je začel javno nastopati s samostojnimi projekti, predvsem pa v sodelovanju s skupino za eksperimentalno glasbo SAETA leta 1976 (nastopi na Bienalu modernih umetnosti v Parizu, na Štajerski jeseni v Gradcu, v Cankarjevem domu v Ljubljani, na evropskem festivalu minimalne glasbe v Beogradu, v večpredstavnih centrih v nekdanji Jugoslaviji in Evropi, na odprtju grafičnega bienala Ljubljana 1981, v radijskih oddajah). To obdobje traja nekako do leta 1986. Po tem letu v glavnem nastopa samostojno.
V tem obdobju je utemeljil novo glasbeno zvrst, bioakustično glasbo, ki temelji na zvokih živali, še posebno žuželk. Posebnost te glasbe je, da ni vzorčena (semplirana) in nato izvajana s klaviaturami, temveč posega na področje zvočnih sinonimov, ki jih upošteva kot module, razvrščene v glasbeni partituri.
Skladba Stenice, mrož in vrata plešejo kolo (Bugs, a Walrus and the Door are Dancing in a circle) je bila uvrščena tudi v izbor Radio Ars Acustica 1995–96 v okviru Združenja evropskih radijskih postaj (EBU). Njegovo deloDotiki 2 (Touchings 2) je bilo v sodelovanju s skupino SAETA izvedeno tudi v okviru Evropskega meseca kulture v Ljubljani, sodeloval je pri mednarodnem projektu Slišati je videti (Hören ist Sehen/To Hear is To See), ki temelji na predstavitvah t. i. zvočnih slik ali zvočnih skulptur na radijskih postajah in v galerijah po vsem svetu (v Kolumbiji, Nemčiji, Venezueli, Mehiki, Avstriji, Turčiji in drugod). Leta 2005 je izšel trojni CD projekta, s katalogom in knjižico (ISBN 3-9501957-9-3) na katerem se nahaja tudi njegova skladba Touchings II.
Med obsežnejše in več medijsko zastavljene projekte zadnjega obdobja sodi sodelovanje v okviru mednarodnega projekta BorderLife (Breitenfurt pri Dunaju in v okviru Štajerske jeseni v Gradcu, Avstrija 2002) s prostorsko zvočno akcijo Stražarji časa – Železna nit, ki se ukvarja s problemom prestopanja mej med resničnim in namišljenim. Obvladovanje prostora je doseženo z zlitjem dveh elementov: doživljanja relativnosti časa kot kategorije bivanja - Stražarji časa in zvočnih ambientov od paleolitika do zgodnjega srednjega veka - Železna nit. Prav tako je bil opazen projekt “Pokisls”, Moderna galerija Ljubljana (2005/06), v katerem raziskuje odnos med besedo, kot nosilcem pomena in zvočno realizacijo le-te v okviru sheme permutacij. Leta 2008 ga je k sodelovanju povabila nemška likovna umetnica Verena Schönhofer. Še istega leta je prispeval glasbo za inštalacijo v muzeju moderne umetnosti v Freiburgu v okviru prireditve Regionale 9.
Je tudi avtor glasbe za filme in scenska dela. O leta 2004 sodeluje pri produkciji dokumentarnih filmov, ki so nastajali v glavnem v okviru nacionalne TV SLO: Šum Kosovela, Diptih o konjih, Sevanja, Izzven, Za podobo vidnega, Jelenk - sveta gora starovercev, Človek, ki je govoril z žuželkami,.... V filmu Izzven je govora tu o njem samem, kot raziskovalcu zvoka in komponistu, kar je svojevrstni odmev na njegovo glasbeno ustvarjanje. Poleg teh je sodeloval še pri manjših video produkcijah.
Prepoznaven pa je tudi na področju zvočnih prostorov za muzeje in galerije. Je prejemnik častnega Valvazorjevega priznanja za izjemne dosežke s področja ustvarjanja zvočnih prostorov za potrebe muzejskih postavitev za leto 2013, ki ga podeljuje Slovensko muzejsko društvo.